فراوانی بالای هلیکوباکتر پیلوری مقاوم به مترونیدازول و کلاریترومایسین در بیوپسی معده تثبیت شده با فرمالین و پارافین
چکیده
سابقه و هدف: مقاومت هلیکوباکتر پیلوری به کلاریترومایسین و مترونیدازول در سراسر جهان رو به افزایش است و باعث کاهش اثربخشی رژیم های درمانی شده است. هدف ما ارزیابی جهشهای رایج ژنهای مقاومت به کلاریترومایسین (A2143G، A2142G و A2142C) و مترونیدازول (rdxA و frxA) در سویههای هلیکوباکتر پیلوری در بیوپسیهای معده با فرمالین ثابت و تعبیهشده با پارافین بود.
روشها: در مجموع 110 بلوک بافتی از کودکان مشکوک به عفونت هلیکوباکتر پیلوری وارد شدند. پس از استخراج DNA، UreC PCR انجام شد. برای آنالیز جهشهای A2143G و A2142G از پرایمرهای اختصاصی و آنزیمهای محدودکننده توسط PCR-RFLP استفاده شد. برای شناسایی A2142C و ارزیابی جهش های مکرر مقاومت به مترونیدازول، از پرایمرهای اختصاصی و روش PCR استفاده شد.
يافته ها: صد مورد هليكوباكترپيلوري (91%) با روش PCR انجام شد. از 34 (34%) ایزوله مقاوم به کلاریترومایسین، 17 (50%)، 10 (29%) و 7 (21%) به ترتیب دارای A2143G، A2142G، A2142C بودند. میزان مقاومت به مترونیدازول 60% (N = 60) بود. در توالییابی rdxA و frxA در سویههای جهشیافته، جهشهای missense بیشترین فراوانی را داشتند (به ترتیب 60 و 57٪)، و تفاوتهایی در تغییر قاب و جهشهای غیرمعنا وجود داشت (001/0>p).
نتیجهگیری: میزان مقاومت به کلاریترومایسین بالا بود و بیشترین درصد جهش مربوط به A2143G بود. PCR-RFLP به طور مستقیم با بیوپسی معده ثابت شده با فرمالین استفاده شد، بنابراین، از نیاز به روشهای زمانبر مبتنی بر کشت اجتناب شد. جدایه هایی که مقاومت ایجاد کردند عمدتاً با جهش های هر دو ژن rdxA و frxA مرتبط بودند.
Abstract
Background: Clarithromycin and metronidazole resistance of Helicobacter pylori is increasing worldwide and has resulted in a loss in the effectiveness of therapeutic regimens. We aimed to evaluate common mutations of resistance genes to clarithromycin (A2143G, A2142G and A2142C) and metronidazole (rdxA and frxA) in H. pylori strains in formalin-fixed, paraffin-embedded gastric biopsies.
Methods: A total of 110 tissue blocks from children suspected of H. pylori infection were included. After DNA extraction, UreC PCR was performed. Specific primers and restriction enzymes by PCR-RFLP were used for analysis of A2143G and A2142G mutations. To detect A2142C and assess frequent mutations of metronidazole resistance, specific primers and PCR method were used.
Results: One hundred cases of H. pylori (91%) were by PCR. Of 34 (34%) clarithromycin-resistant isolates 17 (50%), 10 (29%) and 7 (21%) had A2143G, A2142G, A2142C, respectively. Resistance rate to metronidazole was 60% (N = 60). In sequencing rdxA and frxA in the mutated strains, missense mutations were most frequent (60 and 57%, respectively), and there were differences in frameshift and non-sense mutations (p < 0.001).
Conclusion: Resistance rate to clarithromycin was high and the highest percentage of mutation was of A2143G. PCR-RFLP was used directly with formalin-fixed gastric biopsies, thus, avoiding the requirement for time-consuming culture-based methods. The isolates that developed resistance were mainly associated with mutations of both rdxA and frxA genes.
Click for read more.
